《夜行獵手:臺灣草鴞》紀錄片中珍貴紀錄到在深藏在厚厚的白茅草叢中的草鴞巢穴,夜視攝影機揭露了牠們求偶的奧秘及其繁殖週期。卵孵化之後,雛鳥將遇到許多危險。對飢餓的草原掠食者來說,小草鴞可是道誘人佳餚。萬一被蛇找到巢穴會怎樣?夏季,大自然在颱風中釋放出憤怒,洪水席捲所到之處。冬季的草原大火,無法飛行的雛鳥無法逃生。面對種種困難,草鴞家庭必須奮鬥,然而被殺鼠劑污染的獵物,危害甚至更高。
儘管巢穴旁的攝影機提供了許多重要細節,科學家還迫切需要草鴞活動的數據。攝影機有所侷限,無法在跟隨草鴞神秘的夜間飛行。牠們的活動範圍到底有多遠?到底在哪裡狩獵?沒有這些資訊,就無法擬定和實施重要的保育計劃,尤其機場跑道上的鳥網偶爾會困住草鴞。野生動物救援和康復專家曾翌碩發想如果可以將GPS發射器裝在獲救的草鴞上,研究小組就可以了解牠們的去向。曾翌碩和他的獸醫團隊能讓這隻受傷的草鴞重回空中嗎?如果成功的話,是否足以解開臺灣草鴞的秘密?
回顧拍攝過程最讓製作團隊感動的是,在本片中紀錄到接獲通報的受傷草鴞,如何經過鳥類專家與志工的努力照護,重新回到野外,並看到牠們一個個成功成為衛星追蹤的小尖兵,幫助科學家解開草鴞野外的秘密生活。楊守義導演分享:「科技幫助我們知道臺灣草鴞的行蹤,也因為透過追蹤地圖,我們才發覺,草鴞原來離我們這麼近。這一連串的保育與研究過程與結果,讓能參與紀錄的我們相當感動。」